Deux ans après l'Episode II, et 20 ans avant l'Episode IV, le film couvrirait une période plus longue que d'habitude. Anakin et Amidala sont mariés et la Guerre des Clones est terminée.
Palpatine a le contrôle de la République grâce au contrôle d'une armée puissante. Des senateurs s'opposent ouvertement à son pouvoir, en particulier BailOrgana et MonMothma. Les Jedis sont très affaiblis après la Guerre des Clones.
Obi-Wan Kenobi est désormais un Chevalier Jedi expérimenté, et Anakin s'impatiente en ce qui concerne sa formation. Palpatine s'entraine à maitriser le côté obscur de la Force et montre à Anakin le pouvoir que celui ci permet d'atteindre.
Palpatine commence à persécuter les Jedis, et la Guerre des Clones nuit à la réputation des Jedis. Les Jedis s'opposent à Palpatine publiquement. L'opinion publique s'opposent aux Jedis alors même que Palpatine promet une force militaire puissante pour protéger la République. Un certain nombre de Jedis passent vers le côté obscur.
Anakin entre en conflit avec Obi-WanKenobi quand ce dernier découvre qu'il est entrainé par Palpatine. Anakin quitte alors les Jedis pour devenir l'apprenti de Palpatine. Palpatine déclare que l'ordre des Jedis est illegal. Les Jedis résistent, et leur purge commence.
Palpatine fait croire que les Jedis sont capturés et incarcérés pour le bien commun, alors qu'ils ont en réalité le choix entre se convertir au côté obscur ou mourrir. Anakin part à la chasse des jedis pour en capturer et reçoit l'ordre de partir à la recherche de son ancien maître.
Kenobi et Anakin se retrouvent dans un monde volcanique. les deux Jedis se livrent à un duel, et Anakin tombe dans le volcan. Kenobi récupère son sabre laser et part, pensant qu'Anakin est mort. Mais Palpatine parvient à sauver la vie d'Anakin. Anakin devient alors Darth Vader et Palpatine se déclare Empereur.